Skjellrot er en lav, hvit eller kremfarget flerårig snylteplante med jordstengel. I likhet med vaniljerot (Monotropa hypopitys) hører skjellrot til det fåtall av planter som helt mangler klorofyll. Sin næring får planten ved å parasittere på røttene til trær som or, hassel, bøk og alm.

Bladene er skjellaktige, kjøttfulle og rundt hjerteformede. På et tidlig stadium vokser bladene sammen og danner skjell. Hulrommet som dannes er kledd med fine kjertelhår. Tidligere trodde man at disse hulrommene ble brukt som insektfeller, men man anser i dag at de brukes for å øke transpirasjonen og dermed næringsopptaket fra vertsplanten (treet).

Skjellrot blomstrer i april-mai med hvite og rosa blomster (14-17 mm) samlet i et tett, énsidig, halvt nikkende aks. Blomstene er 2-leppete og sylindriske; underleppen er hvit med tre fliker, og overleppen er rosarød. Planten pollineres av humler. Frukten er en mørk kapsel som sprekker elastisk langs midtribbene og slynger frøene ut. Frøene har små, kjøttfulle vedheng, noe som fører til at de spres av maur.

Planten vokser i skog og kratt, da helst på god jord. Skjellrot finnes på Østlandet nord til Gudbrandsdalen, og i Hordaland.